O filme começa com o Príncipe Encantado, que está no palco de um teatro. Depois de vaiado pela audiência ele volta para os camarins (uma mesa pequena com um espelho rachado num beco atrás do teatro). O Príncipe lamenta não ter tido um "Feliz para sempre" e não acha isso justo. Enquanto isso, o Rei Harold adoece e o seu genro Shrek é escolhido para tomar o seu lugar por alguns dias. Apesar de relutante Shrek aceita, pois tinha dificuldades em parecer e agir como rei. Ele diz à sua esposa Fiona o quanto gostaria de voltar para o pântano, só os dois. Fiona revela que quer ter filhos, mas Shrek responde que crianças não são o seu gênero.
Rei Harold está em seu leito de morte. Entre seus suspiros finais ele conta a Shrek que há um outro herdeiro: o sobrinho dele, Artur Pendragon. O reino inteiro lamenta a morte do rei, enquanto Shrek, Burro e o Gato vão atrás do jovem Artur. Na partida do navio, Fiona conta a Shrek que está grávida, então Shrek começa a ter vários pesadelos sobre crianças, apesar de garantias do Burro que a paternidade é uma coisa maravilhosa. Shrek finalmente encontra Artur, um estudante da escola secundária que vive sendo atormentado pelos colegas. Artur junta-se a Shrek, e está confiante sobre seu cargo de rei, até que Burro e Gato de Botas resolvem o assustar com as responsabilidades. Artur discute com Shrek e eles lutam no navio e acabam chocando numa ilha onde encontram o ex-professor de feitiços aposentado de Artur, Merlin. Para ajudar Shrek e Artur a se reconciliarem, Merlin fê-los olhar numa fumaça grossa para revelar os seus pensamentos. Shrek vê uma carruagem de bebê. Merlin está contente e passa para Artur que vê um pássaro e seu pai: o pássaro pai abandona o passarinho, enquanto o passarinho fica amedrontado e confuso.
Shrek aproveita esta oportunidade para mostrar a Artur que eles não são afinal de contas tão diferentes. Da mesma maneira que o pai de Artur o abandonou, o pai de Shrek também era bem ruim. Na realidade, não querendo enfrentar paternidade, ele tentou comer Shrek quando era um bebê. Shrek também diz a Artur que só porque alguém o chama de monstro ou de perdedor, não significa que ele o fosse. Shrek fala-lhe como as pessoas o temeram durante anos, enquanto pensavam que ele era horrível e terrível, e durante anos, ele acreditou neles. Agora, aprendera a ser quem ele realmente é. O Artur ri com Shrek e eles voltam a ser amigos novamente. Enquanto isso, Príncipe Encantado foi para o Bar Maçã Envenenada onde ele convence outros vilões de contos de fadas (Capitão Hook, a Rainha Má, um Ciclope, Rumplestiltskin, Mable - uma das meio-irmãs de Cinderella, o Cavaleiro sem cabeça, várias bruxas, cavaleiros negros, anões malvados, e árvores más que andam) a acompanhá-lo numa luta para o "felizes para sempre" deles. Os vilões lamentam o fato de que o lado deles da história nunca foi contado e agora é hora de mudar isso. Fiona ainda está no castelo, num chá de bebê com Rapunzel, Cinderella, Bela Adormecida, Dóris (um das meio-irmãs de Cinderella), Branca de Neve, Dragão e Rainha Lilian. De repente, Príncipe Encantado e os outros vilões invadem o reino. Fiona e as amigas conseguem escapar de Tão Tão Distante.
Os Três Porquinhos, o Lobo Mal, o Biscoito, e o Pinóquio são encurralados pelo Encantando, que exige saber onde Fiona e Shrek estão. Encantando decide enviar alguns dos seus homens para caçar Shrek, para que eles possam ter um confronto final. Shrek, Gato das Botas, Burro e Artur acordam cercados pelos vilões enviados do Encantado. Trabalhando como um grupo conseguem amedrontar os vilões. Artur decide falar com Merlin, e faz uma encenação para convencer o ex-professor a usar magia para enviá-los para Tão Tão Distante. Merlin adverte-os que embora o feitiço deva funcionar, podem haver alguns efeitos colaterais. Depois de prévias explicações eles são enviados para Tão Tão Distante. Os efeitos colaterais fazem o Gato de Botas e o Burro trocarem de corpos. Enquanto isso Fiona anda pelos túneis subterrâneos do palácio com as amigas dela, mas Rapunzel as trai para se tornar a nova rainha de Tão Tão Distante e esposa de Encantado. As outras princesas, juntamente com a rainha são feitas prisioneiras numa torre, até que resolvem fugir e fazer um contra-ataque.
Shrek chega à cidade e encontra tudo na mais completa desordem. Pinóquio conta ao Shrek o que aconteceu depois de ele ter partido. Encantado está obcecado em se vingar de Shrek por "roubar" o Felizes para Sempre dele e planeja matá-lo numa peça de teatro. Shrek entra furtivamente no camarim de Encantado, mas os soldados chegam e capturam todos. Num esforço para salvar Artur, Shrek fala que ele não era o verdadeiro herdeiro, e que ele era um perdedor. Pensando que Shrek estava falando sério, Artur sai caminhando e é ignorado por Encantado. Finalmente a peça de teatro começa e Shrek ridiculariza Encantado. Quando Encantado está a ponto de matar Shrek, Fiona e os amigos aparecem para confrontar os vilões.
Artur, que foi convencido pelo Burro e o Gatos de Botas a voltar, pois explicaram quais eram as verdadeiras intenções de Shrek, consegue convencer o resto dos vilões de que eles não precisam fazer tantas maldades. Ele repete as palavras que Shrek havia lhe dito, e todos os vilões de contos de fadas decidem que não precisam ser mais vilões. Infelizmente, Encantando não sente o mesmo e Shrek tem que usar força. Então Encantado apunhala Shrek com a espada. Shrek atira-o para o lado, e o Dragão derruba uma torre para cima do Encantado. A coroa que Encantado estava usando sai rolando, e Shrek a oferece a Artur, que aceita.
O Burro e o Gato de Botas tiveram a possibilidade de pedir a Merlin, que apareceu, para lhes ajudar a reverter o feitiço e voltarem ao normal, mas deixou as suas caudas temporariamente trocadas (isto é, até à cena seguinte). Depois o filme termina alguns meses depois com Shrek e Fiona, de volta ao pântano, pais de ogros tri-gêmeos.
Postagens
